Aan het begin van het tweede seizoen zal een PvE-modus verschijnen die ook wat PvP-elementen bevat. Later gedurende dat seizoen verschijnt een pure PvE-modus waarin crews samen moeten werken om missies te klaren.
"We willen Marathon evolueren naar een ervaring waarin je meerdere leuke manieren kunt vinden om te spelen wanneer je gestrestst bent geraakt van een run en even af moet koelen of gewoon plezier wil hebben. Opties waar je van gaat zweten of juist kunt chillen", aldus regisseur Joe Ziegler in een blogpost.
De game moet ook minder 'grindy' worden en dus betere beloningen bieden. Ook is het de bedoeling dat de user interface verder verbeterd wordt, alsmede de matchmaking. Natuurlijk wordt er ook aan nieuwe maps, wapens en Runners gewerkt.
In seizoen twee komt er een nieuwe defensieve Runner beschikbaar genaamd Sentinel, waar hieronder een screenshot van te zien is. Het tweede seizoen gaat op 2 juni van start en heet Nightfall. Deze zal ook de nieuwe Night Marsh-zone bevatten. Meer details volgen op een later moment.
