Zo blijkt Adobe's Creative Suite erg buggy te zijn, ondanks eerdere toezeggingen van Apple dat de Adobe-programma's geheel compatibel zijn. Ook verwijdert de Snow Leopard-update alle versies van Java voor SE 6, waardoor oudere applicaties tegen problemen aan kunnen lopen.
Wie rondneust op forums loopt al snel tegen een lijstje van applicaties aan die onder 10.6 niet meer werken. Hieronder vallen aMSN, Apple Server Admin Tools, CuteFTP, District 9 Screensaver, Filemaker (bepaalde versies), Macfusion, ooVoo, TivoDesktop, GP Desktop, Plaxo, Vonage Companion en ZumoDrive. Ook werken een aantal schijfapplicaties niet meer, zoals PGP Full Disk Encryption, PGP Desktop, CheckPoint SecureClient, Norton Anti-Virus, Sophos Anti-Virus (4.9.19) en Symantec Antivirus. Wie van deze applicaties afhankelijk is kan beter wachten met upgraden tot er een nieuwe versie beschikbaar is.
