Google zelf geeft inmiddels toe dat de Microsoft Office Outlook Connector, Acrobat PDF Maker Toolbar en Outlook Change Notifier niet werken met App Sync. Wie deze plugins wil blijven gebruiken, moet App Sync maar deïnstalleren.
Erger is dat App Sync een einde maakt aan Windows Desktop Search en het populaire encryptieprogramma PHP. Ook hier is vooralsnog geen oplossing voor, behalve het deïnstalleren van App Sync. Vervelend is dat oudere versies van de tool zich niet eens laten deïnstalleren; er moet eerst een upgrade naar een nieuwe versie uitgevoerd worden.
Microsoft beweert dat Google zijn softwaretool niet goed heeft getest en belangrijke registersleutels wijzigd. Het deïnstalleren van App Sync zou niet voldoende zijn om Desktop Search weer aan de gang te krijgen. Ook beweert Microsoft dat Outlook na het installeren van App Sync niet meer met Hotmail.
